В автотрофные организмы, помимо растений, относятся также некоторые бактерии, в частности хемосинтезирующие бактерии. Эти организмы способны синтезировать органические вещества из неорганических, используя энергию химических реакций, а не свет, как это делают фотосинтезирующие организмы (например, растения). Хемосинтезирующие бактерии часто обитают в экстремальных условиях, таких как гидротермальные источники на дне океана, где света нет, и получают энергию за счет окисления неорганических веществ, например, сероводорода или аммиака.
Грибы сапрофиты, бактерии гнитья и шапочные грибы не являются автотрофами. Они относятся к гетеротрофам, так как для своего питания используют органические вещества, полученные из других живых или уже мертвых организмов. Грибы сапрофиты и бактерии гнитья разлагают мертвое органическое вещество, тем самым участвуя в процессе деструкции и круговороте веществ в природе. Шапочные грибы также получают питание из органических источников, часто формируя микоризные ассоциации с растениями.